Auf Basis der Kirchenordnung der Evangelischen Kirche im Rheinland arbeitet die Evangelische Emmaus-Kirchengemeinde nach einer Satzung, in der bestimmte Gremien für verschiedene Aufgabenbereiche festgelegt wurden. Neben dem Presbyterium, das regelmäßig monatlich tagt, gibt es verschiedene Ausschüsse, in denen dort anfallende Arbeiten erledigt werden und Entscheidungen des Presbyteriums vorbereitet werden.