Das Presbyterium ist das Leitungsorgan der Emmaus-Gemeinde für alle Aufgabenbereiche der Kirchengemeinde von der Gebäudeverwaltung bis hin zum Personal. Auch die Wahl der Pfarrerinnen und Pfarrer ist Aufgabe des Presbyteriums.
Alle vier Jahre wählt die Gemeinde insgesamt 15 ehrenamtlich tätige Menschen aus der Mitte der Gemeinde, sowie zwei Vertreter für die hauptamtlich Tätigen der Gemeinde. Auch alle, die im gemeinsamen pastoralen Amt zusammen arbeiten, sind Mitglieder im Presbyterium, das damit insgesamt 21 Mitglieder umfasst.
Das Presbyterium kann Entscheidungen und die Etatverwaltung an Fachausschüsse delegieren. In den Fachausschüssen arbeiten weitere Gemeindemitglieder ehrenamtlich mit.
