Das Presbyterium ist das Leitungsorgan der Emmaus-Gemeinde für alle Aufgabenbereiche der Kirchengemeinde von der Gebäudeverwaltung bis hin zum Personal. Auch die Wahl der Pfarrerinnen und Pfarrer ist Aufgabe des Presbyteriums.
Alle vier Jahre wählt die Gemeinde jeweils sechs Vertreterinnen und Vertreter aus jedem der drei Bezirke Willich, Schiefbahn und Neersen, sowie drei Vertreter für die hauptamtlich Tätigen der Gemeinde. Auch alle, die im gemeinsamen pastoralen Amt zusammen arbeiten, sind Mitglieder im Presbyterium, das damit insgesamt 24 Mitglieder umfasst.
Das Presbyterium kann Entscheidungen und die Etatverwaltung an Fachausschüsse delegieren. Die sechs Vertreterinnen und Vertreter der einzelnen Bezirke sind ehrenamtlich tätig.
