Auf Basis der Kirchenordnung der Evangelischen Kirche im Rheinland arbeitet die Evangelische Emmaus-Kirchengemeinde nach einer Satzung, in der bestimmte Gremien für verschiedene Aufgabenbereiche festgelegt wurden. Neben dem Presbyterium, das regelmäßig monatlich tagt, gibt es verschiedene Ausschüsse, in denen dort anfallende Arbeiten erledigt werden und Entscheidungen des Presbyteriums vorbereitet werden. Die evangelische Emmaus-Kirchengemeinde verfügt über insgesamt neun Ausschüsse: den Ausschuss für Gottesdienst, Theologie und Verkündigung, den Diakonieausschuss, den Kinder- und Jugendausschuss, den Ausschuss für die Arbeit mit Erwachsenen, den Öffentlichkeitsausschuss, den Kindergartenausschuss, den Bauausschuss, den Finanzausschuss sowie den Kirchenmusikausschuss.
Das Presbyterium der Emmaus-Gemeinde hat darüber hinaus gemäß eines Beschlusses aller Kirchengemeinden der Evangelischen Kirche im Rheinland im Frühjahr 2001 eine Gemeindekonzeption erarbeitet. Diese Gesamtkonzeption soll Auskunft darüber geben, auf welche Weise die jeweilige Gemeinde ihren biblischen Auftrag und ihren Dienst gemäß der Kirchenordnung wahrnehmen möchte.
Die Gemeindekonzeption wird regelmäßig vom Presbyterium überprüft und falls notwendig angepasst.
Die Konzeption ist in die sieben Arbeitsbereiche „Glauben wecken, stärken und lehren“, „Gottesdienst“, „Diakonie“, „Seelsorge“, „Ökumene“, „Gemeinschaft“ und „Kirchenmusik“ unterteilt.
Für jeden Arbeitsbereich werden die biblischen Grundlagen, die Schwerpunkte der Arbeit und ihre angestrebte Umsetzung im Gemeindealltag benannt.
